Io credo che si possa dare una spiegazione musicale di questo fenomeno.
L'accento forte della clave è il primo colpo della terzina, per cui è naturale partire da lì. Questo è il motivo per cui se chiedi ad un cubano (ma anche ad un portoricano o un colombiano) di marcare la clave e non c'è nessun musica sotto, molto probabilmente partirà dalla terzina. Nei brani in clave 3/2 l'accento forte della clave coincide con quello della melodia, cioé con l'uno. Quindi melodia e ritmo si rinforzano a vicenda, e nel complesso danno generalmente una sensazione di maggiore energia. Nei brani in clave 2/3 la clave si trova in qualche modo sfasata, rovesciata rispetto alla melodia. La sua battuta "forte" si trova in una posizione relativamente "debole", cioé non all'inizio, ma a metà della frase musicale, il cosiddetto "5", questo rende in un certo senso la canzone più tranquilla. Naturalmente ci sono moltissime eccezioni, anche perché l'energia di una canzone dipende da tanti fattori, però per quello che riguarda l'interazione tra clave e melodia credo che quello che ho scritto sia giusto.
Ora, che cosa c'entra tutto questo con la musica cubana e portoricana? In teoria niente.
In pratica, però, se consideriamo i tanti lughi comuni diffusi in Italia, c'entra molto. Moltissima gente, erroneamente, associa l'idea di una musica tranquilla e romantica alla "salsa portoricana" e una musica più "pompata" alla "salsa cubana".
A questo aggiungerei anche che chi ama ballare sull'1 (quindi quasi tutti gli italiani che ballano cubano) probabilmente si trova meglio con la clave 3/2, per i motivi che dicevo prima. Mentre chi balla sul 2 si sentirà più vicino alla clave quando la musica è in clave 2/3.